引起脚臭的原因之一是足部臭汗症。汗液本身是无味的，但脚汗能为一些细菌创造良好的生长环境，这些细菌的代谢产物就是脚臭的主要来源。人的脚上汗腺密集，若长时间穿着透气性不好的鞋子或袜子，汗液排不出去，就会促进细菌的生长。
Brevibacteria被认为是产生脚臭的主要细菌，它们以死皮（特别是脚底和脚趾间的死皮）为食，将一种名为蛋氨酸的氨基酸转化为甲硫醇。值得一提的是，Brevibacteria是林堡干酪等著名奶酪的原料之一，为其提供了特别的辣味。
脚臭和袜子也有关系，袜子能吸汗，如果不穿袜子就穿鞋的话，脚汗和细菌的接触就更充分了，结果可想而知。另外，涤纶和尼龙袜的透气性比棉袜差很多，穿久了更易脚臭。
脚臭其实也有很多不同的味道。Propionibacteria生活在青少年和成人的皮脂腺中，能把氨基酸分解为丙酸，丙酸和乙酸的结构相似，味道也相似，因此有些人的脚臭闻起来有醋味。异戊酸是细菌Staphylococcus epidermidis的产物，在几种重口味奶酪中也有发现。
脚臭的另一个原因是脚气。即俗称的香港脚，脚气是真菌感染引起的。这类引发脚气的真菌喜欢在潮湿、闷热的地方生长。汗脚、游泳或淋浴后没有擦干脚、紧包的鞋袜以及温暖的气候都有助于香港脚的生长。
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